Istraživači su otkrili misteriozni gen u genetskom kodu SARS-CoV-2 koronavirusa, segmenta gotovo skrivenog od pogleda u genomu virusa i još uvijek previđenog.
Novoidentificirani gen – ORF3d – primjer je onoga što se naziva preklapajući gen: vrsta „gena u genu“ koji se efikasno skriva u lancu nukleotida zbog činjenice da preklapa kodirane sekvence drugih gena.
“Što se tiče veličine genoma, SARS-CoV-2 i njegovi rođaci spadaju u najduže postojeće RNA viruse”, objašnjava bioinformatist Chase Nelson iz Američkog prirodnjačkog muzeja.
“Stoga su podložniji 'genomskim trikovima' od ostalih RNA virusa.”
U stvari, virusi su vrlo skloni preklapanju gena, pa ovo nije baš iznenađujuće otkriće. Ostaje da se vidi je li ORF3d zaista genomska podvala, ali je ionako teško vidjeti.
Gene koji se preklapaju teško je prepoznati u genetskim sekvencama, jer ih genomski sistemi za skeniranje često mogu preskočiti prilikom skeniranja linija genetskog koda: programirani su za odabir pojedinačnih gena, ali ne moraju nužno vidjeti sveobuhvatne upute zajedničke nukleotidima susjednih gena u sekvenci.
Elektronska mikrofotografija čestica virusa SARS-CoV-2. (NIAID).
U kontekstu virusa kao što je SARS-CoV-2, to može stvoriti ozbiljnu slijepu tačku. Znanstvenici od početka ove godine nastoje razumjeti što je više moguće o ovom razornom virusu, a iako su neki aspekti njegove genetske strukture rasvijetljeni (uključujući čvrsto uvjerenje da nije 'stvoren u laboratoriju'), samo još puno toga jednostavno ne znamo. .
“Geni koji se preklapaju mogu biti jedan od arsenala načina na koji su koronavirusi evoluirali da bi se efikasno replicirali, potkopali imunitet domaćina ili sami prenijeli.”
Što se tiče ORF3d, još treba puno naučiti o tome zašto postoji, krije se u genomu i preklapa ostale gene.
Jedna stvar koju pouzdano znamo o misterioznom genu, na osnovu prethodnih testova krvi pacijenata sa COVID-19, jeste da ORF3d zaista pokreće snažan odgovor antitela.
“Još ne znamo njegovu funkciju i klinički značaj”, kaže Nelson.
„Ali predviđamo da je malo vjerojatno da će ovaj gen biti otkriven odgovorom T ćelija, za razliku od odgovora antitela. I možda to ima neke veze s tim kako je gen mogao nastati. '
Jedno je sigurno. Za virus koji ima samo oko 15 poznatih gena, otkriće još jednog, a kamoli gena koji se preklapa, značajan je napredak. Koliko će biti važno, naučnici će sada pokušati saznati.
Rezultati su prijavljeni eLifeu.
